شایعات متعددی پشت غیبت مهدی مهدی‌پور درترکیب استقلال وجود دارد. برخی می‌گویند مهدی‌پور درجریان اعتراض بازیکنان استقلال به پرداخت نشدن حقوق‌شان یکی از لیدرهای تیم بوده و بازیکنان را برای اعتراض تحریک کرده است. برخی هم درگیری او با برخی هم تیمی‌ها را دلیل غیبت‌های مکررش می‌دانند. با این حال استناد به موضوع مصدومیت این بازیکن موثق تراست.