باشگاه پرسپولیس برای کسب مجوز حرفه‌ای AFC و بازگشت به لیگ قهرمانان آسیا با دو مشکل اساسی مواجه شده که یکی از آنها شاید حتی غیرقابل حل باشد.
جدا از ماجرای استادیوم آزادی که مشکل مشترک استقلال و پرسپولیس است و به صورت اجاره‌ای در اختیار این باشگاه‌ها قرار می‌گیرد بحث شفافیت مالی هنوز نهایی نشده و به نقطه مطلوبی نرسیده است.
باشگاه پرسپولیس هر چقدر که توانسته در بحث پرداخت بدهی‌ها و بستن پرونده‌ها و همچنین دیگر موضوعاتی که پیش از این نمرات منفی دریافت کرده بود، موفق عمل کند، اکنون درگیر عاملی شده که از دست آنها برای حل موضوع خارج است؛ مالکیت مشترک.
بحث مجمع و مالکیت مشترک دو باشگاه پرسپولیس واستقلال موضوعی است که می‌تواند همچنان مشکل‌ساز باشد. وزارت ورزش مدعی است با حضور دو باشگاه پرطرفدار تهرانی در فرابورس موضوع مربوط به مجمع مشترک سرخابی‌ها حل شده (پرسپولیس به وزارت اقتصاد و دارایی و باشگاه استقلال به وزارت صنعت، معدن و تجارت واگذار شده‌اند) اما همچنان تمام تصمیمات در خصوص این دو باشگاه از سوی وزارت ابلاغ می‌شود و نمونه اخیر آن مربوط به معرفی سه عضو جدید هیأت مدیره پرسپولیس و همچنین علی فتح‌الله‌زاده به عنوان مدیرعامل جدید از سوی وزارت ورزش است.
موضوع دیگر که مانع اساسی در این زمینه شده مربوط به بدهی مالیاتی باشگاه پرسپولیس است. هرچند طبق توافقات و هماهنگی و همکاری صورت گرفته با وزارت، قرار شده این موضوع هرچه زودتر حل شود و باشگاه پرسپولیس بتواند از معافیت مالیاتی با توجه به عدم سوددهی طی فصول گذشته و اشتباهاتی که مدیران در ارسال مفاصاحساب داشته‌اند بهره ببرد. با این حال این مسأله طی سالیان اخیر نیز در حد وعده باقی مانده بود و باید اکنون دید با پیگیری‌های رضا درویش و همکاری وزارت ورزش، این بدهی بزرگ نیز از مسیر باشگاه برداشته خواهد شد یا خیر.
پرسپولیس فصل قبل از لیگ قهرمانان آسیا حذف شد و امسال هم که به خاطر برگزاری جام جهانی در فصل پاییز اصلاً لیگ قهرمانان آسیا نداشتیم اما اگر قرار باشد فصل بعد هم این تیم را در تورنمنت فوق نبینیم برای‌ شأن و اعتبار پرسپولیس و فوتبال ایران بسیار بد خواهد شد.