این روزها در تمرینات پرسپولیس حضور دارد و مثل همیشه پا به پای بازیکنان میدود و گاهی در نقش گلر در بازیهای درون تیمی حضور پیدا میکند. با آمدن کیروش ماجرای تیم ملی برای او تمام شد و حالا تمام تمرکزش را روی کار در پرسپولیس خواهد گذاشت. البته باقری هنوز با فدراسیون فوتبال بحث مالی دارد و با وجود تغییراتی که در فدراسیون رخ داده حتماً موضوع مطالباتش را پیگیری خواهد کرد تا به حق و حقوقش برسد.