با پیشنهاد رسمی از سوی فدراسیون فوتبال و موافقت مدیریت باشگاه پرسپولیس و با هماهنگی کادر فنی، کریم باقری برای مدتی کوتاه در اردوی تیم ملی فوتبال کشورمان حضور پیدا می‌کند تا در راه صعود به جام‌جهانی در کنار دراگان اسکوچیچ فعالیت کند. بعد از آنکه پیشنهاد مسئولان فدراسیون فوتبال به مدیرعامل باشگاه پرسپولیس رسید، بررسی تمام ابعاد این پیشنهاد در دستور کار قرار گرفت. در این مسیر از یحیی گل‌محمدی نیز نظرسنجی شد و بنا به مصلحت‌اندیشی ملی، کمک به تیمی که متعلق به 85میلیون نفر ایرانی است و نگاه ملی که همه پرسپولیسی‌ها در طول تاریخ به فوتبال کشورمان داشتند، به‌صورت موقت و تنها تا پایان دور مقدماتی انتخابی جام‌جهانی، باقری به‌عنوان دستیار اسکوچیچ به کادر فنی تیم ملی اضافه می‌شود.

گفتنی است تیم ملی کشورمان روز 13 خرداد مقابل هنگ‌کنگ، روز 17 خرداد برابر بحرین، 21 خرداد مقابل کامبوج و در نهایت سه‌شنبه 25 خردادماه با عراق در گروه سوم رقابت‌های انتخابی جام‌جهانی بازی خواهد کرد و بعد از اتمام این چهار مسابقه، کریم باقری به‌همراه محمدحسین کنعانی‌زادگان، مهدی ترابی، احمد نوراللهی، کمال کامیابی‌نیا و وحید امیری از اردوی تیم ملی به تمرینات پرسپولیس بازمی‌گردند.

قابل ذکر است اسکوچیچ از بدو انتخابش به‌عنوان سرمربی تیم ملی قصد داشت کریم باقری را در کادرش کنار خود داشته باشد اما با مخالفت باشگاه پرسپولیس و یحیی گل‌محمدی این اتفاق رخ نداد. البته آن زمان خود باقری هم چندان مایل به حضور در تیم ملی نبود چراکه از نظر مالی هم برایش زیان بود اما حالا و تنها برای سه هفته او به‌صورت موقتی در کادر فنی تیم ملی فعالیت خواهد کرد.